Né à Berlin, Kai Pfeiffer esr un atiste de bande dessinée qui se promène entre la fiction, l'abstraction et le reportage. Il dirige la publication de diverses anthologies, travaille comme curateur, traducteur et professeur aux Beaux-Artss, actuellement à Hanovre. Il dirige le magazine annuel Plaque, avec Johann Ulricht. Il a aussi publié des dessins et des bandes dessinées pour la presse, notamment pour le Frankfurter Algemeine Zeitung et le Tagesspiegel.

En 1999 à Berlin, Kai Pfeiffer fonde avec ses amis d'études Jens Harder, Mawil, Ulli Lust, Tim Dinter et Kathi Käppel le groupe Monogatari, qui travaille principalement sur le documentaire et l'autobiographie en bande dessinée et marque durablement la bd alternative allemande.

Kai Pfeiffer a d'abord publié Opérations esthétiques chez Le Dernier Cri en 2000, et Kuenstliche Menschen - Hommes artificiels avec le groupe Monogatari en 2001. Il a ensuite coopéré avec Ulli Lust sur Bauschbaum, puis avec Tim Dinter sur Der Flaneur et Alte Frauen. En 2012, il publie un essai documentaire intitulé Radioaktive forever : a comic strip essay, revenant sur le contexte historique de la catastrophe de Tchernobyl et sur les débats actuels autour de l'utilisation du nucléaire. Radioaktive forever intègre l'anthologie No Nukes 2012, publiée au Japon. En 2015 paraît le livre Glücklich wie Blei im Getreide avec l'auteur autrichien Clemens J. Stez chez Suhrkamp Verlag.

Kai Pfeiffer et Dominique Goblet ont travaillé à partir de 2011 sur le récit Plus si entente, publié par Frémok et Actes Sud en France et par Avant verlag en Allemagne, puis sur l'installation Le Jardin des candidats prolongeant le livre. Le Jardin s'est enrichi d'année en année, de sa première présentation en 2016 à Arts Factory à Paris, jusqu'au Cartoonmuseum à Bâle, en passant par le Musée Nabokov de Saint-Pétersbourg, où il fut censuré et désinstallé fissa en raison du trop grand nombre d'hommes nu représentés. EN 2024, Le Jardin des candidats est devenu un livre rassemblant les éléments de l'installation et faisant suite à Plus si entente, publié par Frémok.

En 2018, il a accompagné Ulli Lust dans le tournage du documentaire Urwald, sur la forêt primaire du même nom, pour Arte. Kai Pfeiffer participe entre autres à l'élaboration de la musique et du son.